Mensajes clave:
* Las pruebas de amplificación mediada por transcripción (TMA por sus siglas en inglés) y las pruebas de reacción en cadena de la polimerasa de transcripción inversa (RT-PCR por sus siglas en inglés) disponibles en el mercado diseñadas específicamente para omitir/adaptar la extracción/purificación del ARN parecen lo suficientemente exactas como para reemplazar el método de RT-PCR con la extracción/purificación previa del ARN (una molécula esencial para la mayoría de las funciones biológicas) para identificar a las personas con infección por síndrome respiratorio agudo grave por coronavirus 2 (SARS-CoV-2), especialmente cuando la alternativa sería no tener acceso a las pruebas. Sin embargo, estos hallazgos se deben interpretar y utilizar con cautela debido a varias limitaciones en la evidencia.
* La precisión de otro tipo de pruebas moleculares de laboratorio alternativas a la RT-PCR está por debajo de las normas recomendadas por la Organización Mundial de la Salud (OMS) o no hay un volumen suficiente de pruebas para establecer conclusiones fiables.
*La extrapolación de los datos de precisión de las pruebas evaluadas a cualquier otra/s marca/s de pruebas que utilice/n las mismas técnicas será difícil, ya que las categorías principales están sobrerrepresentadas por marcas de pruebas concretas muy precisas. Se necesita una evaluación adicional de estas pruebas en escenarios reales de práctica clínica.
¿Cuáles son las pruebas moleculares de laboratorio alternativas para identificar a las personas infectadas por el SARS-CoV-2?
Las pruebas moleculares de laboratorio tienen como objetivo confirmar o descartar la infección por SARS-CoV-2 en las personas. Se han desarrollado alternativas a las pruebas de RT-PCR para reducir los pasos necesarios para procesar las muestras en el laboratorio o utilizar menos recursos para obtener los mismos resultados válidos. Esta revisión se centró en las pruebas desarrolladas comercialmente por un fabricante, proporcionando instrucciones para su uso profesional.
¿Por qué es importante esta pregunta?
Las personas con una presunta infección por SARS-CoV-2 deben saber si están infectados para autoaislarse, recibir tratamiento e informar a los contactos cercanos. El fracaso en la detección del SARS-CoV-2 cuando está presente tiene el riesgo de propagar la infección y da lugar a que se pierdan oportunidades de prevención. El diagnóstico de infección por SARS-CoV-2 cuando no está presente, puede dar lugar a un autoaislamiento innecesario y a que se realicen pruebas a los contactos cercanos. Actualmente, las pruebas para confirmar la infección por SARS-CoV-2 dependen de una prueba molecular de laboratorio llamada RT-PCR. Esto requiere equipo especializado y puede tardar 24 horas en producir un resultado. Si las pruebas que tardan menos tiempo o utilizan recursos fácilmente disponibles fueran suficientemente precisas para reemplazar las pruebas de RT-PCR, podría aumentar el número de pruebas que se podrían realizar, permitir un diagnóstico más rápido y permitir que las personas tomen medidas apropiadas más rápidamente.
¿Qué se quiso averiguar?
Se quería saber si las pruebas moleculares alternativas de laboratorio fabricadas para la venta son lo suficientemente precisas como para diagnosticar la infección por SARS-CoV-2 en comparación con la RT-PCR.
¿Qué se hizo?
Se buscaron estudios que investigaran estas pruebas en personas (o muestras) que también se analizaron para la infección por SARS-CoV-2 mediante la RT-PCR, que modificaran la RT-PCR al eliminar o alterar los componentes de este proceso de análisis.
¿Qué se encontró?
En la revisión se incluyeron 105 evaluaciones que evaluaban alternativas a la RT-PCR. Los resultados principales se basan en 74 753 muestras y la infección por SARS-CoV-2 se confirmó en 7517 de estas muestras. La mayoría de las evaluaciones (27/105) se referían a diversos tipos de pruebas específicamente diseñadas para omitir/adaptar la extracción/purificación del ARN. Veinticuatro de 105 evaluaciones se referían a diversos tipos de pruebas que funcionaban a una temperatura (pruebas isotérmicas) en lugar de pasar a través de diferentes temperaturas. Veinticuatro de 105 evaluaciones se referían a diversos tipos de pruebas que combinaban estos dos enfoques alternativos.
Resultados principales
Solo las pruebas diseñadas específicamente para omitir/adaptar la extracción/purificación del ARN y las pruebas de TMA con extracción del ARN (un tipo de prueba isotérmica) cumplieron con las normas aceptables de la OMS para confirmar y descartar el SARS-CoV-2. Por ejemplo, los resultados de estos estudios indican que en un grupo de 1000 personas, 50 de las cuales (5%) en realidad presentan SARS-CoV-2:
* Para las pruebas diseñadas específicamente para omitir/adaptar la extracción/purificación del ARN:
- 51 personas darían positivo en la prueba para SARS-CoV-2. De estas, 3 (6%) no tendrían SARS-CoV-2 (resultado falso positivo).
-949 personas darían negativo en la prueba para SARS-CoV-2. De estas, dos (0,2%) tendrían realmente SARS-CoV-2 (resultado falso negativo)
*Para las pruebas de TMA con extracción del ARN:
-55 personas darían positivo en la prueba para SARS-CoV-2. De estas, 6 (10%) no tendrían SARS-CoV-2 (resultado falso positivo).
-945 personas darían negativo en la prueba para SARS-CoV-2. De estas, 1 persona (0,1%) tendría realmente SARS-CoV-2 (resultado falso negativo)
¿Cuáles son las limitaciones de la evidencia?
La mayoría de los estudios incluidos no proporcionaron información sobre los participantes a los que se les realizaron las pruebas, como si tenían síntomas o eran contactos cercanos de un caso de SARS-CoV-2. También hubo dudas acerca del método de reclutamiento de los participantes en la mayoría de los estudios incluidos, lo que puede haber dado lugar a una sobrestimación de la precisión de estos métodos. Además, el método utilizado para determinar si las personas no presentaban infección por SARS-CoV-2 no se consideró fiable en la mayoría de los estudios, lo que puede haber dado lugar a la subestimación de la precisión de estos métodos. Algunos estudios no siguieron las instrucciones de los fabricantes para utilizar la prueba. Los resultados de diferentes marcas de pruebas que utilizaron la misma técnica variaron.
¿Qué significa esto?
Los estudios incluidos en esta revisión indican que dos pruebas moleculares de laboratorio podrían ser lo suficientemente precisas como para reemplazar o complementar las pruebas de RT-PCR con extracción/purificación previa del ARN para el diagnóstico de la infección por SARS-CoV-2: Pruebas de RT-PCR desarrolladas para omitir o adaptar la extracción o purificación del ARN y las pruebas isotérmicas de TMA (conservación de un paso de extracción del ARN). Otras pruebas alternativas a la RT-PCR fueron evaluadas solo por unos pocos estudios de calidad metodológica limitada, y su realización debe ser evaluada por estudios adicionales. Además, los datos de estos estudios dependían principalmente de muestras adquiridas en el pasado (en comparación con muestras actuales o futuras), por lo que se requiere una evaluación adicional de estas pruebas en escenarios reales de práctica clínica. Además, las decisiones sobre la prueba óptima para un contexto específico dependerán no solo de la exactitud diagnóstica, sino también de otros factores como la complejidad de la prueba, el tiempo transcurrido hasta el resultado, la aceptabilidad de las pruebas y el contexto en el que se utilizarán.
¿Qué grado de actualización tiene esta revisión?
Esta revisión incluye evidencia publicada hasta el 31 de octubre de 2022.
Las pruebas moleculares de laboratorio alternativas tienen como objetivo mejorar la capacidad de prueba de diferentes maneras, como la reducción del tiempo, los pasos y los recursos necesarios para obtener resultados válidos. Varias tecnologías de pruebas índice con estas posibles ventajas no se han evaluado o solo se han evaluado en unos pocos estudios de calidad metodológica limitada, por lo que el rendimiento de estos kits fue indeterminado.
Solo dos categorías de pruebas índice con evaluaciones suficientes para el metanálisis cumplen con el conjunto de normas de exactitud aceptables de la OMS para las pruebas de ácido nucleico del SARS-CoV-2: las pruebas de RT-PCR diseñadas para omitir/adaptar la extracción/purificación del ARN y las pruebas de TMA. Estas pruebas podrían resultar ser alternativas adecuadas a la RT-PCR para identificar a las personas infectadas por SARS-CoV-2, especialmente cuando la alternativa sería no tener acceso a las pruebas. Sin embargo, estos hallazgos se deben interpretar y utilizar con cautela debido a varias limitaciones en la evidencia, incluida la confianza en muestras retrospectivas sin información acerca del estado de los síntomas de los participantes ni el momento de evaluación. No es posible extrapolar los datos de exactitud encontrados para estas dos alternativas a ninguna marca de prueba que utilice las mismas técnicas, ya que, en ambos grupos, una marca de prueba con exactitud alta estuvo sobrerrepresentada con 21/26 y 12/14 estudios incluidos, respectivamente. Aunque se utilizó una búsqueda exhaustiva y los criterios de elegibilidad fueron amplios para incluir una amplia variedad de pruebas que podrían ser alternativas a los métodos de RT-PCR, se necesitan estudios de investigación adicionales para evaluar el rendimiento de las pruebas de covid-19 alternativas y su función en el tratamiento de la pandemia.
El diagnóstico de las personas con una infección por SARS-CoV-2 desempeñó un papel fundamental en el control de la pandemia por covid-19 y todavía es una prioridad para la transición al control a largo plazo de la covid-19. La escasez inicial de reactivos de extracción y de reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa (RT-PCR del inglés «Reverse transcription polymerase chain reaction») impidió alcanzar la cantidad deseada de pruebas en muchos países, lo que dio lugar a la búsqueda de alternativas para la extracción/purificación del ARN y la prueba de la RT-PCR. Las pruebas de referencia para diagnosticar la presencia de infección por SARS-CoV-2 dependen principalmente de la RT-PCR en tiempo real. Las alternativas a la RT-PCR podrían, si son suficientemente exactas, tener una repercusión positiva al ampliar el rango de herramientas de diagnóstico disponibles para la identificación oportuna de las personas infectadas por el SARS-CoV-2, el acceso a las pruebas y el uso de los recursos.
Evaluar la exactitud diagnóstica de las pruebas moleculares de laboratorio alternativas (a las pruebas de RT-PCR) para diagnosticar la infección por SARS-CoV-2.
Se hicieron búsquedas en la base de datos COVID‐19 Open Access Project living evidence de la Universidad de Berna hasta el 30 de septiembre de 2020 y en la base de datos COVID-19 de la OMS hasta el 31 de octubre de 2022. No se aplicaron restricciones de idioma.
Se incluyeron estudios de personas con sospecha o confirmación de infección por SARS-CoV-2, o en los que se utilizaron pruebas para el cribado de la infección, y estudios que evaluaron pruebas moleculares de laboratorio desarrolladas comercialmente para el diagnóstico de la infección por SARS-CoV-2 consideradas alternativas a las pruebas de RT-PCR. También se incluyeron todas las pruebas de referencia para definir la presencia o ausencia de SARS-CoV-2, incluidas las pruebas de reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa y los criterios de diagnóstico clínico establecidos.
Dos autores revisaron de forma independiente los estudios y resolvieron los desacuerdos mediante debate con un tercer autor. Dos autores de la revisión, de forma independiente, extrajeron los datos y evaluaron el riesgo de sesgo y la aplicabilidad de los estudios mediante la herramienta QUADAS-2. La sensibilidad y la especificidad se presentaron con intervalos de confianza (IC) del 95% para cada prueba mediante diagramas de bosque (forest plots) pareados y los resultados se resumieron con el uso de la sensibilidad y la especificidad medias mediante un metanálisis de efectos aleatorios bivariante. Se ilustraron los hallazgos por categoría de prueba índice y marca de la prueba en comparación con el umbral de sensibilidad y especificidad aceptable de la OMS para diagnosticar la infección por SARS-CoV-2 mediante pruebas de ácido nucleico.
Se incluyeron datos de 64 estudios que informaron sobre 94 cohortes de participantes y 105 evaluaciones de pruebas índice, con 74 753 muestras y 7517 casos confirmados de SARS-CoV-2. No se identificaron informes publicados o prepublicados de exactitud para un número considerable de pruebas de amplificación de ácidos nucleicos (PAAN) producidas comercialmente. La mayoría de las cohortes se consideraron con riesgo de sesgo incierto o alto en más de tres dominios de QUADAS-2. Alrededor de la mitad de las cohortes se consideraron con alto riesgo de sesgo de selección debido al reclutamiento basado en el estado de covid. Tres cuartas partes de 94 cohortes tuvieron alto riesgo de sesgo en el dominio de la prueba de referencia por depender de un único resultado de la RT-PCR para determinar la ausencia de infección por SARS-CoV-2 o tuvieron riesgo incierto de sesgo debido a la falta de claridad acerca del intervalo de tiempo entre la evaluación de la prueba índice y la prueba de referencia, el número de resultados faltantes o la ausencia de un diagrama de flujo de participantes.
Para las categorías de pruebas índice con cuatro o más evaluaciones y cuando fue posible realizar estimaciones globales, se encontró que: a) para las pruebas de RT-PCR diseñadas para omitir/adaptar la extracción/purificación del ARN, la sensibilidad media fue del 95,1% (IC del 95%: 91,1% a 97,3%), y la especificidad media fue del 99,7% (IC del 95%: 98,5% a 99,9%; sobre la base de 27 evaluaciones, 2834 muestras y 1178 casos de SARS-CoV-2); b) para las pruebas de amplificación isotérmica mediada por horquillas con retrotranscripción (RT-LAMP por sus siglas en inglés), la sensibilidad media fue del 88,4% (IC del 95%: 83,1% a 92,2%), y la especificidad media fue del 99,7% (IC del 95%: 98,7% a 99,9%; 24 evaluaciones, 29 496 muestras y 2255 casos de SARS-CoV-2); c) para las pruebas de amplificación mediada por transcripción (TMA por sus siglas en inglés), la sensibilidad media fue del 97,6% (IC del 95%: 95,2% a 98,8%), y la especificidad media fue del 99,4% (IC del 95%: 94,9% a 99,9%; 14 evaluaciones, 2196 muestras y 942 casos de SARS-CoV-2); d) para las pruebas de PCR digital, la sensibilidad media fue del 98,5% (IC del 95%: 95,2% a 99,5%), y la especificidad media fue del 91,4% (IC del 95%: 60,4% a 98,7%; cinco evaluaciones, 703 muestras y 354 casos de SARS-CoV-2; e) para las pruebas de RT-LAMP que omitieron la extracción/adaptación del ARN, la sensibilidad media fue del 73,1% (IC del 95%: 58,4% a 84%), y la especificidad media fue del 100% (IC del 95%: 98% a 100%; 24 evaluaciones, 14 342 muestras y 1502 casos de SARS-CoV-2).
Solo dos categorías de pruebas índice cumplen los requisitos de sensibilidad y especificidad aceptables para la OMS para las pruebas de ácido nucleico del SARS-CoV-2: las pruebas de RT-PCR diseñadas para omitir/adaptar la extracción/purificación del ARN y las pruebas de TMA. Además, se cumplieron los criterios de realización aceptables para la OMS para dos de 35 pruebas cuando se utilizaron según las instrucciones del fabricante. Con una prevalencia del 5% con el uso de una cohorte de 1000 personas con sospecha de infección por SARS-CoV-2, el valor predictivo positivo de las pruebas de RT-PCR que omiten/adaptan la extracción/purificación del ARN será del 94%; 3 de 51 resultados positivos serán falsos positivos y alrededor de 2 casos no se detectarán. Para las pruebas de TMA, el valor predictivo positivo de las pruebas de RT-PCR será del 89%, 6 de 55 resultados positivos serán falsos positivos y alrededor de 1 caso no se detectará.
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