Principaux messages :
* Les tests d’amplification médiée par la transcription (TMA) et les tests de transcription inverse par réaction en chaîne de la polymérase (RT-PCR) disponibles dans le commerce et spécifiquement conçus pour omettre/adapter l'extraction/purification de l'ARN semblent suffisamment précis pour remplacer la méthode de RT-PCR avec extraction/purification préalable de l'ARN (molécule essentielle à la plupart des fonctions biologiques) pour identifier les personnes infectées par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2), en particulier lorsque l'alternative serait de ne pas avoir accès au test. Toutefois, ces constatations doivent être interprétés et utilisés avec prudence en raison de plusieurs limites dans les données probantes.
* La précision des autres types d'alternatives moléculaires de laboratoire à la RT-PCR est inférieure aux normes recommandées par l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) ou ne dispose pas d'un volume de données probantes suffisant pour tirer des conclusions fiables.
* L'extrapolation des données d’exactitude des tests évalués à toute autre marque(s) de test utilisant les mêmes techniques sera difficile puisque les principales catégories sont surreprésentées par des marques de test individuelles très précises. Une évaluation plus poussée de ces tests dans des scénarios de pratique clinique réelle est requise.
Quels sont les autres tests moléculaires en laboratoire permettant d'identifier les personnes infectées par le SARS-CoV-2 ?
Les test moléculaires en laboratoire (tests) visent à confirmer ou à infirmer l'infection par le SARS-CoV-2 chez l'homme. Des alternatives aux tests RT-PCR ont été développées pour minimiser les étapes nécessaires au traitement des échantillons en laboratoire ou pour utiliser moins de ressources afin d'obtenir les mêmes résultats valides. Pour cette revue, nous nous concentrons sur les tests développées commercialement par un fabricant, fournissant des instructions pour leur utilisation professionnelle.
Pourquoi cette question est-elle importante ?
Les personnes suspectées d'être infectées par le SARS-CoV-2 devraient savoir si elles sont infectées pour s'auto-isoler, recevoir un traitement et informer leurs contacts proches. L'absence de détection du SARS-CoV-2 lorsqu'il est présent risque de propager l'infection et donne lieu à des occasions manquées de prévention. Diagnostiquer une infection par le SARS-CoV-2 alors qu'elle n'est pas présente pourrait conduire à un auto-isolement inutile et au dépistage des contacts proches. Actuellement, les tests visant à confirmer l'infection par le SARS-CoV-2 reposent sur un test moléculaire de laboratoire appelé RT-PCR. Cette opération nécessite un équipement spécialisé et peut prendre 24 heures pour obtenir un résultat. Si les tests qui prennent moins de temps ou utilisent des ressources facilement disponibles étaient suffisamment précises pour remplacer les tests RT-PCR, cela pourrait augmenter le nombre de tests pouvant être effectués, permettre un diagnostic plus rapide et permettre aux gens de prendre les mesures appropriées plus rapidement.
Que voulions-nous découvrir ?
Nous voulions savoir si les tests moléculaires alternatifs réalisés en laboratoire et développés commercialement sont suffisamment précis pour diagnostiquer l'infection par le SARS-CoV-2 par rapport à la RT-PCR.
Comment avons-nous procédé ?
Nous avons recherché des études portant sur ces tests chez des personnes (ou des échantillons) qui ont été également testées pour l'infection par le SARS-CoV-2 au moyen de la RT-PCR et qui modifiaient la RT-PCR en supprimant ou en altérant des éléments de ce processus de test.
Qu’avons-nous trouvé ?
Nous avons inclus 105 évaluations de solutions alternatives à la RT-PCT dans la revue. Les principaux résultats s’appuient sur 74 753 échantillons, et l'infection par le SARS-CoV-2 a été confirmée dans 7517 de ces échantillons. La plupart des évaluations (27/105) concernaient divers types de tests spécifiquement conçus pour omettre/adapter l'extraction/la purification de l'ARN. Vingt-quatre des 105 évaluations concernaient divers types de tests fonctionnant à une seule température (tests isothermes) plutôt que des cycles à différentes températures. Vingt-quatre des 105 évaluations portaient sur divers types de tests combinant ces deux approches alternatives.
Principaux résultats
Seuls les tests spécifiquement conçus pour omettre/adapter l'extraction/la purification de l'ARN et les tests TMA avec extraction de l'ARN (un type de test isotherme) répondaient aux normes acceptables par l'OMS pour confirmer et exclure le SARS-CoV-2. À titre d'exemple, les résultats de ces études indiquent que dans un groupe de 1 000 personnes, 50 d'entre elles (5 %) sont effectivement atteintes du SARS-CoV-2 :
* Pour les tests conçus spécifiquement pour omettre/adapter l'extraction/la purification de l'ARN :
- 51 personnes seraient testées positives au SARS-CoV-2. Parmi ces personnes, trois (6 %) ne seraient pas atteintes par le SARS-CoV-2 (résultat faussement positif).
- 949 personnes seraient testées négativement pour le SARS-CoV-2. Parmi ces personnes, deux (0,2 %) auraient effectivement le SARS-CoV-2 (résultat faussement négatif).
* Pour les tests TMA avec extraction d'ARN :
- 55 personnes seraient testées positives au SARS-CoV-2. Parmi ces personnes, six (10 %) n'auraient pas le SARS-CoV-2 (résultat faussement positif).
-945 personnes obtiendraient un résultat négatif pour le SARS-CoV-2. Sur ce nombre, une personne (0,1 %) serait en fait atteinte du SARS-CoV-2 (résultat faussement négatif).
Quelles sont les limites des données probantes ?
La plupart des études incluses, n'ont pas fourni d'informations sur les participants qui ont subi le test, notamment s'ils présentaient des symptômes ou s'ils étaient des contacts étroits avec un cas de SARS-CoV-2. Nous avons également eu des doutes sur la méthode de recrutement des participants pour la majorité des études incluses, ce qui a pu entraîner une surestimation de l’exactitude de ces méthodes. En outre, la méthode utilisée pour déterminer si les individus n'étaient pas infectés par le SARS-CoV-2 n'a pas été jugée fiable pour la plupart des études, ce qui pourrait avoir eu pour conséquence de sous-estimer la précision de ces méthodes. Certaines études n'ont pas suivi les instructions du fabricant pour l'utilisation du test. Les résultats obtenus avec la même technique varient d'une marque à l'autre.
Qu’est-ce que cela signifie ?
Les études incluses dans cette revue suggèrent que deux tests moléculaires en laboratoire pourraient être suffisamment précis pour remplacer ou compléter les tests RT-PCR avec extraction/purification préalable de l'ARN pour le diagnostic de l'infection par le SARS-CoV-2 : Les tests RT-PCR développés pour omettre ou adapter l'extraction ou la purification de l'ARN et les tests isothermes TMA (conservant une étape d'extraction de l'ARN). D'autres tests alternatifs à la RT-PCR n'ont été évalués que par quelques études de qualité méthodologique limitée, et leurs performances devraient être évaluées par des études supplémentaires. En outre, les données de ces études reposaient principalement sur des échantillons acquis dans le passé (comparativement aux échantillons actuels ou futurs), de sorte qu'une évaluation plus poussée de ces tests dans des scénarios de pratique clinique réelle est nécessaire. En outre, les décisions concernant le test optimal pour un environnement spécifique seront motivées non seulement par la précision du diagnostic, mais aussi par d'autres facteurs tels que la complexité du test, le délai d'obtention des résultats, l'acceptabilité par les personnes testées et l'environnement dans lequel les tests doivent être utilisés.
Dans quelle mesure cette revue est-elle à jour ?
Cette revue inclut les données probantes publiées jusqu'au 31 octobre 2022.
Les tests moléculaires alternatifs en laboratoire visent à améliorer la capacité de test de différentes façons, notamment en réduisant le temps, les étapes et les ressources nécessaires à l'obtention de résultats valides. Plusieurs technologies de test index présentant ces avantages potentiels n'ont pas été évaluées ou ne l'ont été que par quelques études de qualité méthodologique limitée, de sorte que les performances de ces kits sont restées indéterminées.
Seules deux catégories de tests index ayant fait l'objet d'un nombre suffisant d'évaluations pour une méta-analyse répondent aux normes de précision acceptables de l'OMS pour les tests de détection de l'acide nucléique du SARS-CoV-2 : Les tests RT-PCR conçus pour omettre/adapter l'extraction/purification de l'ARN et les tests d’amplification médiée par la transcription (TMA). Ces tests pourraient s’avérer être des alternatives appropriées à la RT-PCR pour l'identification des personnes infectées par le SARS-CoV-2, en particulier lorsque l'alternative serait de ne pas avoir accès au dépistage. Cependant, ces résultats doivent être interprétés et utilisés avec prudence en raison de plusieurs limites dans les données probantes, notamment le recours à des échantillons rétrospectifs sans information sur l'état des symptômes des participants et le moment de l'évaluation. Il n'est pas possible d'extrapoler les données de précision trouvées pour ces deux alternatives à d'autres marques de test utilisant les mêmes techniques car, pour les deux groupes, une marque de test avec une précision élevée était surreprésentée avec respectivement: 21/26 et 12/14 études incluses. Bien que nous ayons utilisé une recherche exhaustive et que nos critères d'éligibilité aient été larges afin d'inclure un large éventail de tests susceptibles de remplacer les méthodes de RT-PCR, des recherches supplémentaires sont nécessaires pour évaluer les performances de tests COVID-19 alternatifs et leur rôle dans la gestion de la pandémie.
Le diagnostic des personnes infectées par le SARS-CoV-2 a joué un rôle essentiel dans la gestion de la pandémie de COVID-19 et reste une priorité pour la transition vers la gestion à long terme de la COVID-19. Le manque initiale de réactifs d'extraction et de réaction en chaîne par polymérase après transcription inverse (RT-PCR) ont entravé l’intensification souhaitée des tests dans de nombreux pays, ce qui a conduit à la recherche d'alternatives à l'extraction/purification de l'ARN et aux tests de RT-PCR. Les méthodes de référence standard pour diagnostiquer la présence d'une infection par le SARS-CoV-2 reposent principalement sur la réaction en chaîne par polymérase après transcription inverse (RT-PCR) en temps réel. Les alternatives à la RT-PCR pourraient, si elles sont suffisamment précises, avoir un impact positif en élargissant l’éventail des outils de diagnostic disponibles pour l'identification rapide des personnes infectées par le SARS-CoV-2, l'accès aux tests et l'utilisation des ressources.
Évaluer l’exactitude diagnostique des tests moléculaires de laboratoire alternatifs (par rapport aux tests RT-PCR) pour diagnostiquer l'infection par le SARS-CoV-2.
Nous avons effectué des recherches dans la base de données COVID-19 «Open Access Project living evidence» de l'Université de Berne jusqu'au 30 septembre 2020 et dans celle de l'OMS (COVID-19 Research Database) jusqu'au 31 octobre 2022. Nous n’avons pas appliqué de restriction linguistiques.
Nous avons inclus des études sur des personnes chez qui l'infection par le SARS-CoV-2 était suspectée ou avérée, ou dans lesquelles des tests ont été utilisés pour dépister l'infection, ainsi que des études évaluant des tests moléculaires de diagnostic du SARS-CoV-2, commercialisées en laboratoire, considérés comme des alternatives au test de RT-PCR. Nous avons également inclus tous les standards de référence permettant de définir la présence ou l'absence du SARS-CoV-2, y compris les tests RT-PCR et les critères de diagnostic clinique établis.
Deux auteurs ont examiné les études de manière indépendante et ont résolu leurs désaccords, en discutant avec un troisième auteur. Deux auteurs ont extrait les données de manière indépendante et évalué le risque de biais et l'applicabilité des études à l'aide de l'outil QUADAS-2. Nous avons présenté la sensibilité et la spécificité, avec des intervalles de confiance (IC) à 95 %, pour chaque test en utilisant des diagrammes en forêt appariés et nous avons résumé les résultats en utilisant une sensibilité et une spécificité moyennes à l'aide d'une méta-analyse bivariée à effets aléatoires. Nous avons illustré les résultats par catégorie de test index et par marque de test, en les comparant au seuil de sensibilité et de spécificité acceptable de l'OMS pour le diagnostic de l'infection par le SARS-CoV-2 à l'aide de tests d'acide nucléique.
Nous avons inclus les données de 64 études portant sur 94 cohortes de participants et de 105 évaluations de tests index, avec 74 753 échantillons et 7517 cas confirmés de SARS-CoV-2. Nous n'avons pas identifié de rapports publiés ou préimprimés sur l’exactitude d'un nombre considérable de tests d'amplification des acides nucléiques (TAAN) produits commercialement. La plupart des cohortes ont été jugées comme présentant un risque de biais incertain ou élevé dans plus de trois domaines de QUADAS-2. Environ la moitié des cohortes ont été considérées comme présentant un risque élevé de biais de sélection en raison d'un recrutement fondé sur le statut COVID. Les trois quarts des 94 cohortes présentaient un risque élevé de biais dans le domaine standard de référence en raison de la dépendance à l'égard d'un seul résultat de RT-PCR pour déterminer l'absence d'infection par le SARS-CoV-2 ou un risque de biais incertain en raison d'un manque de clarté concernant l'intervalle de temps entre l'évaluation du test index et les tests de référence, le nombre de résultats manquants ou l'absence d'un diagramme de flux des participants.
Pour les catégories de tests index ayant fait l'objet d'au moins quatre évaluations et lorsque des estimations sommaires étaient possibles, nous avons constaté que : a) pour les tests RT-PCR conçus pour omettre/adapter l'extraction/purification de l'ARN, la sensibilité moyenne était de 95,1 % (IC à 95 % de 91,1 % à 97,3 %) et la spécificité moyenne était de 99,7 % (IC à 95 % de 98,5 % à 99.9 % ; sur la base de 27 évaluations, 2834 échantillons et 1178 cas de SARS-CoV-2) ; b) pour les tests d’amplification isotherme médiée par boucle de transcription inverse (RT-LAMP), la sensibilité moyenne était de 88,4 % (IC à 95 % de 83,1 % à 92,2 %) et la spécificité moyenne de 99,7 % (IC à 95 % de 98,7 % à 99,9 % ; 24 évaluations, 29 496 échantillons et 2255 cas de SARS-CoV-2) ; c) pour les tests d’amplification médiée par la transcription (TMA), la sensibilité moyenne était de 97.6 % (IC à 95 % : 95,2 % à 98,8 %) et la spécificité moyenne était de 99,4 % (IC à 95 % : 94,9 % à 99,9 % ; 14 évaluations, 2196 échantillons et 942 cas de SARS-CoV-2) ; d) pour les tests PCR numériques, la sensibilité moyenne était de 98,5 % (IC à 95 % : 95,2 % à 99,5 %) et la spécificité moyenne était de 91,4 % (IC à 95 % : 60,4 % à 98.7 % ; cinq évaluations, 703 échantillons et 354 cas de SARS-CoV-2) ; e) pour les tests RT-LAMP omettant/adaptant l'extraction de l'ARN, la sensibilité moyenne était de 73,1 % (IC à 95 % : 58,4 % à 84 %) et la spécificité moyenne de 100 % (IC à 95 % : 98 % à 100 % ; 24 évaluations, 14 342 échantillons et 1502 cas de SARS-CoV-2).
Seules deux catégories de tests index répondent aux exigences de sensibilité et de spécificité acceptables par l'OMS pour les tests d'acide nucléique du SARS-CoV-2 : Les tests RT-PCR conçus pour omettre/adapter l'extraction/purification de l'ARN et les tests TMA. En outre, les critères de performance acceptables par l'OMS ont été respectés pour deux tests sur 35 lorsqu’ils ont été utilisés conformément aux instructions du fabricant. Avec une prévalence de 5 % et une cohorte de 1 000 personnes suspectées d'être infectées par le SARS-CoV-2, la valeur prédictive positive des tests RT-PCR omettant/adaptant l'extraction/purification de l'ARN sera de 94 %, avec trois résultats positifs sur 51 étant des faux positifs, et environ deux cas non détectés. Pour les tests TMA, la valeur prédictive positive des tests RT-PCR sera de 89 %, avec 6 résultats positifs sur 55 étant des faux positifs, et environ un cas non détecté.
Post-édition effectuée par Nathalie Goulay et Cochrane France. Une erreur de traduction ou dans le texte d'origine ? Merci d'adresser vos commentaires à : traduction@cochrane.fr