Nema dovoljno dokaza da je dodavanje probiotika prehrani dojenčadi korisno za prevenciju alergijskih bolesti ili preosjetljivosti na hranu. Reakcije na hranu i alergije (uključujući astmu, ekcem i peludnu groznicu) česte su i čini se da se povećavaju u razvijenim zemljama. Mnoga dojenčad postane preosjetljiva na hranu, uključujući i umjetnu hranu za dojenčad, preko probavnog sustava, i na taj bi proces možda mogao utjecati sastav bakterija koje se nalaze u crijevima. Pokušaji da se pospješi rast normalnih crijevnih bakterija i na taj način spriječi razvoj preosjetljivosti na hranu uključuju i uporabu probiotika. Probiotici su žive bakterije koje naseljavaju probavni sustav i pospješuju zdravlje domaćina. U ovom je Cochrane sustavnom pregledu utvrđeno da probiotici dodani hrani dojenčadi mogu pomoći u prevenciji ekcema dojenčadi, a prema jednoj studiji korist od ove terapije traje do četvrte godine. Međutim, kvaliteta studija nije bila zadovoljavajuća, niti su rezultati studija bili jednaki, a isto tako je zabrinjavajuća činjenica da učinci nisu bili vidljivi ako su podatci ograničeni na dojenčad sa znakovima osjetljivosti na alergene, što pokazuje da su potrebne dodatne studije da bi se potvrdili navedeni rezultati.