Istnieją pewne dane naukowe, które wskazują, że prebiotyk dodany do mieszkanki dla niemowląt może zapobiegać wypryskowi (egzemie) oraz astmie u niemowląt. Jednakże, istnieją pewne wątpliwości dotyczące wiarygodności tych danych, gdyż nie we wszystkich badaniach oceniano wystąpienie alergii lub nie opublikowano wyników dla wszystkich niemowląt. Alergie lub nietolerancje pokarmowe oraz inne alergie (w tym astma, egzema oraz katar sienny) występują powszechnie i mogą być coraz częstsze. Wiele niemowląt uczula się na żywność, włączając w to mieszanki dla niemowląt, poprzez swój przewód pokarmowy, co może mieć związek ze składem flory bakteryjnej kolonizującej ich przewód pokarmowy. Podejmowano próby promowania wzrostu prawidłowej flory bakteryjnej przewodu pokarmowego oraz zapobiegania uczuleniom na pokarm, które obejmowały dodawanie prebiotyku do mieszanek dla niemowląt. Prebiotyki to nietrawione składniki pożywienia, które pomagają wybiórczo stymulować wzrost lub aktywność "zdrowych" bakterii w jelicie grubym. W przeglądzie tym odnaleziono dane naukowe wskazujące, że dodanie do mieszanek dla niemowląt suplementu zawierającego prebiotyk może zapobiegać egzemie u niemowląt do drugiego roku życia. Nie jest jasne, czy stosowanie prebiotyku powinno być ograniczone tylko do niemowląt obciążonych dużym ryzykiem alergii, czy ten efekt może także występować w populacji o małym ryzyku, czy też stosowanie prebiotyku może mieć wpływ na występowanie innych chorób alergicznych, w tym astmy. Jednakże, dalsze badania są niezbędne w celu potwierdzenia dotychczasowych doniesień, zanim zacznie się zalecać rutynowe stosowanie prebiotyków w zapobieganiu alergii.