Por que é importante melhorar a detecção da codeleção 1p/19q no glioma?
Os gliomas são um tipo de tumor cerebral (câncer). Existem diferentes tipos de glioma, com diferentes mudanças em seu material genético. Uma das possíveis mudanças genéticas é a perda de partes de dois de nossos 23 cromossomos. Quando falta uma parte específica do cromossomo 1 e uma parte específica do cromossomo 19, é conhecida como 'codeleção 1p/19q'. A codeleção 1p/19q é usada para diagnosticar um glioma conhecido como oligodendroglioma. A presença da codeleção 1p/19q também pode nos dizer quanto tempo um paciente com um glioma pode sobreviver e qual é o melhor tratamento para esse paciente.
Qual foi o objetivo desta revisão?
Queríamos descobrir qual é a maneira mais precisa e custo-efetiva de identificar a codeleção 1p/19q em gliomas.
O que é estudado na revisão?
A revisão examinou e comparou todos os métodos para detectar a codeleção 1p/19q que são baseados no ácido desoxirribonucleico (DNA, que contém as informações para que um organismo se desenvolva, sobreviva e se reproduza) do tumor. Estes incluem testes conhecidos como FISH e CISH, que são realizados diretamente no tecido tumoral e uma série de outros testes que são baseados no DNA extraído do tecido tumoral, inclusive: LOH baseado em PCR, PCR em tempo real, MLPA, SNP array, CGH array e NGS. Nenhum destes testes é perfeito, portanto não há um "padrão de referência" para compará-los. Os dois testes mais usados (FISH e LOH baseado em PCR) foram utilizados como os melhores testes de referência disponíveis para rastrear os outros.
Quais foram os principais resultados da revisão?
Encontramos 53 estudos. A maioria dos testes foi boa em identificar instâncias de codeleção 1p/19q (o que significa que eram testes com boa “sensibilidade”) que foram identificados por qualquer um dos dois testes comuns. No entanto, houve algumas diferenças em como os testes foram capazes de descartar a codeleção 1p/19q quando ela não parecia estar presente (a "especificidade" do teste). As técnicas de NGS e SNP foram melhores nisso (ou seja, com menos resultados "falso-positivos") versus FISH como o teste de referência. O custo por diagnóstico correto foi mais baixo para o MLPA, embora esta não tenha sido uma descoberta robusta porque a quantidade de evidências foi pequena.
Quão confiáveis são os resultados dos estudos desta revisão?
Nossa certeza na evidência foi baixa ou muito baixa, porque havia poucos estudos para a maioria dos testes e havia limitações para quase todos os estudos. Da mesma forma, a análise econômica deve ser interpretada com cautela devido ao número relativamente pequeno de estudos.
A quem se aplicam os resultados desta revisão?
As formas como os testes foram realizados foram pensadas para serem representativos de como eles seriam realizados na prática. No entanto, muitos dos estudos incluíram pessoas com tipos específicos de gliomas, portanto, os resultados podem não ser representativos de todas as pessoas com gliomas.
Quais são as implicações desta revisão?
A evidência limitada sugere que as técnicas atualmente utilizadas apresentam boa sensibilidade para detecção de codeleção 1p/19q. As técnicas de NGS e SNP podem ter maior especificidade quando o FISH é o padrão de referência, mas isso vem com um custo maior por teste.
Quão atualizada é esta revisão?
A última busca por estudos ocorreu em agosto de 2019.
Em nossa revisão, a maioria das técnicas (exceto a banda G) parecia ter boa sensibilidade (poucos falsos negativos) para a detecção de codeleção 1p/19q em glioma versus FISH e LOH baseado em PCR como padrão de referência. Entretanto, julgamos a certeza da evidência como baixa ou muito baixa para todos os testes. Também, existem possíveis diferenças na especificidade, pois tanto o NGS quanto o SNP array têm alta especificidade (menos falsos positivos) para codeleção 1p/19q quando comparado ao FISH como padrão de referência. Por fim, a análise econômica igualmente deve ser interpretada com cautela, devido ao pequeno número de estudos.
A deleção completa do braço curto do cromossomo 1 (1p) e do braço longo do cromossomo 19 (19q), conhecida como codeleção 1p/19q, é uma mutação que pode ocorrer em gliomas. Ocorre em um tipo de glioma conhecido como oligodendroglioma e em seu grau mais agressivo conhecido como oligodendroglioma anaplásico. A detecção da codeleção 1p/19q em gliomas é importante porque, juntamente com outra mutação em uma enzima conhecida como isocitrato desidrogenase, é necessária para fazer o diagnóstico de oligodendroglioma. A presença da codeleção 1p/19q também informa o prognóstico do paciente e a predição do melhor tratamento medicamentoso. Os dois principais testes em uso são hibridização in situ fluorescente (FISH) e a reação em cadeia da polimerase (PCR) baseada na perda de heterozigosidade (LOH) (também conhecida como PCR baseada em repetições em tandem curtas ou análise de microssatélite). No entanto, muitos outros testes estão disponíveis. Ademais, nenhum dos testes é perfeito, embora se espere que o PCR tenha sensibilidade muito alta.
Estimar a sensibilidade, especificidade e custo-efetividade de diferentes técnicas baseadas em ácido desoxirribonucleico (DNA) para determinar o status de codeleção 1p/19q no glioma.
Pesquisamos MEDLINE, Embase e BIOSIS até julho de 2019. Não houve restrições no idioma ou data de publicação. Procuramos estudos de avaliação econômica a partir dos resultados desta pesquisa e utilizando o NHS Economic Evaluation Database.
Incluímos estudos transversais em adultos com glioma ou qualquer subtipo de glioma, apresentando dados brutos ou tabulações cruzadas de dois ou mais testes baseados em DNA para codeleção 1p/19q. Também procuramos avaliações econômicas destes testes.
Seguimos os procedimentos descritos no Cochrane Handbook for Diagnostic Test Accuracy Reviews. Dois revisores selecionaram independentemente títulos/resumos/textos completos, realizaram extração de dados e avaliação de aplicabilidade e risco de viés usando o QUADAS-2. As meta-análises utilizaram o modelo hierárquico ROC de resumo para estimar e comparar a precisão dos testes. Utilizamos FISH e PCR como padrões de referência alternativos para examinar como os testes eram comparados com aqueles em uso comum, e realizamos uma análise de classe latente comparando FISH e LOH baseado em PCR. Também, construímos um modelo econômico para avaliar a custo-efetividade dos testes.
Incluímos 53 estudos avaliando: LOH baseado em PCR, FISH, polimorfismo de nucleotídeo único (SNP), sequenciamento de nova geração (NGS), hibridação genômica comparativa (CGH),hibridação genômica comparativa em array (aCGH), amplificação multiplex de sondas dependente de ligação (MLPA), PCR em tempo real, hibridização cromogênica in situ (CISH), espectrometria de massa (MS), análise de polimorfismo no comprimento de fragmentos de restrição (RFLP), bandas G, matriz de metilação e NanoString. O risco de viés foi baixo para apenas um estudo; a maioria dos estudos levantou questões sobre como os pacientes foram selecionados ou sobre dados faltantes. Ademais, muito dos estudos tiveram problemas com aplicabilidade porque apenas pacientes com subtipos específicos de glioma foram incluídos. Análises usando FISH como referência contribuíram com 1520 participantes, análises incluindo LOH baseado em PCR como referência contribuíram com 1304 participantes e análises de comparações de métodos de estudos que não incluíram participantes FISH ou LOH baseado em PCR contribuíram com 262 participantes
A maioria das evidências estava disponível para a comparação de FISH versus LOH baseado em PCR (15 estudos, 915 participantes): LOH baseado em PCR detectou 94% das codeleções determinadas por FISH (Intervalo de confiança (IC95%) de 83% a 98%) e FISH detectou 91% das codeleções determinadas por LOH baseado em PCR (IC95% de 78% a 97%). Dos tumores determinados como não tendo uma deleção por FISH, 94% (IC95% de 87% a 98%) tiveram uma deleção detectada por LOH baseada em PCR, e daqueles determinados como não tendo uma deleção por LOH baseada em PCR, 96% (IC95% de 90% a 99%) tiveram uma deleção detectada por FISH. A análise de classe latente sugeriu que o LOH baseada em PCR pode ser um pouco mais preciso do que FISH. A maioria das outras técnicas parece ter alta sensibilidade (ou seja, produziu poucos resultados falsos-negativos) para a detecção de codeleção 1p/19q quando FISH ou LOH baseado em PCR foi considerado como o padrão de referência, embora houvesse poucas evidências. Havia alguma indicação de diferenças na especificidade (taxa de falso-positivo) com algumas técnicas. Tanto NGS quanto SNP apresentaram alta especificidade quando comparadas com FISH como padrão de referência (NGS: 6 estudos, 243 participantes; SNP: 6 estudos, 111 participantes), embora tenhamos classificado a certeza da evidência como baixa ou muito baixa. NGS e SNP também apresentaram alta especificidade quando LOH baseado em PCR foi considerado o padrão de referência, embora com muito mais incerteza, pois estes resultados foram baseados em menos estudos (apenas um estudo com 49 participantes para NGS e dois estudos com 33 participantes para SNP).
As bandas G tiveram baixa sensibilidade e especificidade quando o LOH baseado em PCR foi o padrão de referência. Embora a MS tivesse sensibilidade e especificidade muito altas quando tanto FISH como o LOH baseado em PCR foram considerados o padrão de referência, estes resultados foram baseados em apenas um estudo com um pequeno número de participantes. O PCR em tempo real também mostrou alta especificidade quando FISH foi utilizado como padrão de referência, embora houvesse apenas dois estudos, incluindo 40 participantes.
Não encontramos avaliações econômicas relevantes. Nosso modelo econômico utilizando FISH como padrão de referência sugeriu que o valor do teste de otimização de recursos depende de qual medida de precisão diagnóstica é mais importante. Com FISH como padrão de referência, o MLPA provavelmente será custo-efetivo se a sociedade estiver disposta a pagar 1.000 libras esterlinas ou menos por um verdadeiro positivo detectado. Entretanto, como o valor atribuído a um verdadeiro positivo aumentou, CISH foi o mais custo-efetivo. Os achados diferiram quando a medida do desfecho mudou para verdadeiro negativo detectado ou diagnóstico correto. Quando o LOH baseado em PCR foi usado como padrão de referência, MLPA provavelmente foi custo-efetivo para todas as medidas de precisão diagnóstica com valores de limiares mais baixos para disposição a pagar. Entretanto, à medida que os valores dos limiares aumentaram, nenhum dos testes foi claramente mais provável de ser considerado custo-efetivo.
Tradução do Cochrane Brazil (Aline Rocha e Juliana Machado Rugolo). Contato: tradutores.cochrane.br@gmail.com