Problématique de la revue
Nous avons examiné les données probantes sur l'exactitude des tests d'amplification en chaîne par polymérase (PCR) pour le diagnostic de l'aspergillose invasive (AI) chez les personnes dont le système immunitaire est déficient à la suite d'un traitement médical, comme la chimiothérapie ou une greffe d'organe ou de moelle osseuse.
Contexte
L’AI est une maladie fongique causée par la moisissure très répandue Aspergillus,
Aspergillus fumigatus étant l'espèce la plus commune. La plupart des gens respirent des spores d'Aspergillus tous les jours sans tomber malade. Cependant, les personnes dont le système immunitaire est affaibli ou qui souffrent de maladies pulmonaires courent un risque plus élevé de développer des problèmes respiratoires des poumons et des sinus dus à Aspergillus, allant des complications allergiques à l'AI, qui est l'infection fongique invasive et potentiellement mortelle la plus courante chez ceux dont le système immunitaire est altéré. Sans traitement antifongique, la plupart des personnes atteintes d'AI mourront des suites directes de l'AI, de sorte qu'un diagnostic précoce et l'administration rapide d'un traitement antifongique approprié sont essentiels à la survie de ces personnes. L'échantillon idéal pour diagnostiquer l'AI serait un tissu pulmonaire, mais son obtention comporte un risque important pour le patient, de sorte qu'il existe un besoin évident de nouvelles méthodes non invasives comme la PCR pour démontrer la présence du champignon dans le sang en détectant ses acides nucléiques.
Caractéristiques de l'étude
Notre recherche d’études la plus récente a été effectuée en mars 2018. Nous l’avons combinée à une recherche antérieure ayant sélectionnée 29 études cliniques faisant état de l'évaluation prospective des tests PCR dans des cohortes de personnes à risque élevé d'AI.
Sources de financement de l’étude
Aucune des entreprises impliquées dans le diagnostic des maladies fongiques invasives n'a financé les études incluses dans la revue.
Qualité des données probantes
La plupart des études présentaient un faible risque de biais et une faible préoccupation quant à leur applicabilité. Toutefois, les différences dans les étalons de référence pourraient avoir contribué aux différences que nous avons relevées dans la répartition des cas classés comme AI ou non.
Principaux résultats
Plusieurs techniques de PCR ont été utilisées dans les études. La mise en commun des données des études a montré que la sensibilité et la spécificité de la PCR pour le diagnostic de l'AI variaient (de 59 % à 79,2 % et de 79 % à 95,2 %, respectivement) en fonction des critères d’interprétation utilisés pour définir un test comme positif. Utilisé comme critère de diagnostic pour l'AI dans une population de 100 personnes avec une prévalence de la maladie de 16,3 % (prévalence moyenne globale), un seul test PCR positif aurait manqué trois personnes atteintes de la maladie et aurait classé à tort 17 personnes comme étant atteintes de la maladie, qui auraient été traitées inutilement ou soumis à des tests supplémentaires. Exiger deux tests positifs comme critère de diagnostic dans une population ayant la même prévalence de la maladie manquerait neuf personnes atteintes de la maladie et classerait à tort quatre personnes comme étant atteintes de la maladie. Ces chiffres doivent être interprétés avec prudence parce que l’étalon de référence est fondé sur le degré de certitude du diagnostic et qu'il est rarement prouvé, de sorte qu'il ne peut pas fournir une évaluation uniforme des cas en tant qu’AI ou non.
Dans l'ensemble, la PCR montre une exactitude diagnostique modérée lorsqu'elle est utilisée comme test de dépistage de l'AI dans les groupes de patients à risque élevé. Il est important de noter que lorsque le taux de sensibilité est faible, la sensibilité des tests signifie qu'un résultat négatif permet d'exclure le diagnostic en toute confiance, sauf lorsque le patient reçoit certains antifongiques. Avec la faible prévalence de la maladie, une valeur prédictive négative élevée est telle qu'un test négatif permet d'exclure le diagnostic.
La PCR fait preuve d'une exactitude diagnostique modérée lorsqu'elle est utilisée comme test de dépistage de l'AI dans les groupes de patients à risque élevé. Il est important de noter que la sensibilité du test confère une valeur prédictive négative (VPN) élevée, de sorte qu'un test négatif permet d'exclure le diagnostic. Les résultats positifs consécutifs montrent une bonne spécificité dans le diagnostic de l’AI et pourraient être utilisés pour déclencher des examens radiologiques et autres, ou pour la thérapie préventive en l'absence de signes radiologiques spécifiques lorsque la suspicion clinique d'infection est élevée. Lorsqu'un seul test PCR positif est utilisé comme critère diagnostique pour l'AI dans une population de 100 personnes ayant une prévalence de 16,3 % (prévalence moyenne globale), trois personnes atteintes d'AI seraient manquées (sensibilité 79,2 %, 20,8 % faux négatifs) et 17 personnes seraient inutilement traitées ou soumis à des tests supplémentaires (spécificité de 79,6 %, 21,4 % faux positifs). Si nous exigeons que deux tests soit positifs dans une population ayant la même prévalence de la maladie, cela signifierait que neuf personnes atteintes d'AI seraient manquées (sensibilité 59,6 %, 40,4 % de faux négatifs) et quatre personnes seraient inutilement traitées ou soumis à des tests supplémentaires (spécificité de 95,1 %, 4,9 % de faux positifs). Comme le galactomannane, la PCR a une bonne VPN pour exclure la maladie, mais la faible prévalence de la maladie limite la capacité de confirmer un diagnostic. Comme ces biomarqueurs détectent différents marqueurs de la maladie, les combiner pourrait s’avérer plus utile.
Il s'agit d'une mise à jour de la revue originale publiée dans la Cochrane Database of Systematic Reviews Numéro 10, 2015.
L'aspergillose invasive (AI) est l’infection invasive opportuniste par moisissure potentiellement mortelle la plus fréquente, chez les personnes immunodéprimées. Le diagnostic précoce de l'AI et l'administration rapide d'un traitement antifongique approprié sont essentiels à la survie des personnes atteintes d'AI. Les antifongiques peuvent être administrés en prophylaxie ou en traitement empirique, sur la base d'une stratégie diagnostique (approche préventive) ou pour traiter une maladie établie. Par conséquent, il y a un besoin urgent de recherche sur les nouveaux outils diagnostiques et les stratégies de traitement. De plus en plus, de nouvelles méthodes telles que la réaction en chaîne par polymérase (PCR) pour détecter les acides nucléiques fongiques sont étudiées.
Fournir un résumé global de l'exactitude diagnostique des tests PCR sur des échantillons de sang pour le diagnostic de l’AI chez les personnes immunodéprimées.
Nous avons fait des recherches dans MEDLINE (1946 à juin 2015) et Embase (de 1980 à juin 2015). Nous avons également effectué des recherches dans LILACS, DARE, Health Technology Assessment, Web of Science et Scopus jusqu'en juin 2015. Nous avons vérifié les listes de références de toutes les études identifiées par les méthodes ci-dessus et contacté les auteurs et chercheurs pertinents dans le domaine. Pour cette mise à jour de la revue, nous avons mis à jour les recherches électroniques au sein du Registre central des essais contrôlés Cochrane (CENTRAL ; 2018, Numéro 3) de la Bibliothèque Cochrane ; MEDLINE via Ovid (juin 2015 à la semaine 2 du mois de mars 2018) ; et Embase via Ovid (juin 2015 à la semaine 12 de 2018).
Nous avons inclus des études qui : i) comparaient les résultats des tests PCR sanguins avec l’étalon de référence publié par l'Organisation européenne pour la recherche et le traitement du cancer/Groupe d’étude des mycoses (EORTC/MSG) ; ii) rapportaient des données sur les résultats faux positifs, vrais positifs, faux négatifs et vrais négatifs des tests diagnostics étudiés séparément ; et iii) évaluaient le ou les tests dans l'optique d'une cohorte de personnes appartenant à une population clinique pertinente, définie comme groupe à haut risque pour une aspergillose envahissante. Les études cas-témoins et rétrospectives ont été exclues de l'analyse.
Les auteurs ont évalué la qualité et ont extrait les données de manière indépendante. Pour les tests PCR, nous avons évalué la condition selon laquelle un ou deux échantillons consécutifs doivent être positifs pour mesurer l'exactitude du diagnostic. Nous avons étudié l'hétérogénéité par des analyses en sous-groupes. Nous avons tracé des estimations de la sensibilité et de la spécificité de chaque étude à l’aide de courbes ROC et construit des graphiques en forêt pour examiner visuellement la variation dans l’exactitude des tests. Nous avons réalisé des méta-analyses utilisant le modèle bivarié pour produire des estimations globales de la sensibilité et de la spécificité.
Nous avons inclus 29 études primaires (18 de la revue originale et 11 de cette mise à jour), correspondant à 34 jeux de données, publiés entre 2000 et 2018 dans les méta-analyses, avec une prévalence moyenne d'AI prouvée ou probable de 16,3 (prévalence médiane 11,1%, intervalle 2,5% à 57,1%). La plupart des patients avaient reçu une chimiothérapie pour une hémopathie maligne ou avaient subi une greffe de cellules souches hématopoïétiques. Plusieurs techniques de PCR ont été utilisées parmi les études incluses. La sensibilité et la spécificité de la PCR pour le diagnostic de l'AI variaient selon les critères d'interprétation utilisés pour définir un test comme positif. Les estimations globales de la sensibilité et de la spécificité étaient de 79,2 % (intervalle de confiance (IC à 95 %) 71,0 à 85,5) et 79,6 % (IC à 95 % 69,9 à 86,6) pour un seul résultat positif et de 59,6 % (IC à 95 % 40,7 à 76,0) et 95,1 % (IC à 95 % 87,0 à 98,2) pour deux tests positifs consécutifs.
Post-édition effectuée par Lina Ghosn et Cochrane France. Une erreur de traduction ou dans le texte d'origine ? Merci d'adresser vos commentaires à : traduction@cochrane.fr