Najważniejsze informacje

* Testy amplifikacji z mediacją transkrypcji (ang. transcription-mediated amplification, TMA) i dostępne na rynku testy łańcuchowej reakcji polimerazy z odwrotną transkrypcją (ang. reverse transcription polymerase chain reaction, RT-PCR), zaprojektowane specjalnie w celu pominięcia / dostosowania ekstrakcji / oczyszczania RNA, wydają się wystarczająco dokładne, aby zastąpić metodę RT-PCR z uprzednią ekstrakcją / oczyszczaniem RNA (cząsteczki niezbędnej dla większości funkcji biologicznych) w celu identyfikacji osób z zakażeniem koronawirusem ciężkiego ostrego zespołu oddechowego 2 (SARS-CoV-2), zwłaszcza gdy alternatywą byłby brak dostępu do testów. Wyniki te należy jednak interpretować i wykorzystywać z ostrożnością ze względu na poważne ograniczenia danych naukowych.

* Dokładność innych rodzajów laboratoryjnych metod molekularnych alternatywnych dla RT-PCR jest poniżej standardów zalecanych przez Światową Organizację Zdrowia (WHO) lub brakuje wystarczającej liczby danych naukowych do wyciągnięcia wiarygodnych wniosków.

* Ekstrapolacja danych dotyczących dokładności z ocenianych testów na testy innych producentów wykorzystujące te same techniki będzie trudna, ponieważ główne kategorie są zbyt licznie reprezentowane poprzez bardzo wysoką dokładność poszczególnych testów danych producentów. Konieczna jest dalsza ocena tych testów w rzeczywistych warunkach praktyki klinicznej.

Jakie są alternatywne laboratoryjne testy molekularne do identyfikacji osób zakażonych wirusem SARS-CoV-2?

Laboratoryjne testy molekularne mają na celu potwierdzenie lub wykluczenie zakażenia SARS-CoV-2 u ludzi. Alternatywne badania dla testów RT-PCR zostały opracowane w celu zminimalizowania etapów potrzebnych do przetworzenia próbek w laboratorium lub wykorzystania mniejszej ilości zasobów w celu uzyskania tych samych ważnych wyników. W tym przeglądzie skupiamy się na testach opracowanych komercyjnie przez producenta, dostarczając instrukcje dotyczące ich profesjonalnego użytkowania.

Dlaczego jest to ważna kwestia?

Osoby z podejrzeniem zakażenia SARS-CoV-2 powinny wiedzieć, czy są zakażone, aby się izolować, otrzymać leczenie i poinformować osoby z którymi przebywają w bliskim kontakcie. Niewykrycie SARS-CoV-2, gdy jest obecny, grozi rozprzestrzenianiem się infekcji i skutkuje utratą możliwości zapobiegania. Diagnozowanie zakażenia SARS-CoV-2, gdy nie jest ono obecne, może prowadzić do niepotrzebnej samoizolacji i testowania osób z bliskich kontaktów. Obecnie testy potwierdzające zakażenie SARS-CoV-2 opierają się na laboratoryjnym teście molekularnym zwanym RT-PCR. Wymaga to specjalistycznego sprzętu, a uzyskanie wyniku może zająć 24 godziny. Jeśli testy, które zajmują mniej czasu lub wykorzystują łatwo dostępne zasoby, byłyby wystarczająco dokładne, aby zastąpić testy RT-PCR, mogłoby to zwiększyć liczbę wykonywanych testów, umożliwić szybszą diagnozę i umożliwić ludziom szybsze podjęcie odpowiednich działań.

Czego chcieliśmy się dowiedzieć?

Chcieliśmy dowiedzieć się, czy komercyjnie opracowane, alternatywne laboratoryjne testy molekularne są wystarczająco dokładne do diagnozowania zakażenia SARS-CoV-2 w porównaniu z RT-PCR.

Co zrobiliśmy?

Szukaliśmy badań dotyczących tych testów poprzez modyfikację RT-PCR tj. usunięcie lub zmianę składników tego procesu u osób (lub badania na próbkach), które zostały również przetestowane pod kątem zakażenia SARS-CoV-2 przy użyciu RT-PCR.

Czego się dowiedzieliśmy?

W przeglądzie uwzględniliśmy 105 badań oceniających alternatywne badania dla RT-PCR. Główne wyniki opierają się na 74 753 próbkach, a zakażenie SARS-CoV-2 potwierdzono w 7517 z nich. Większość badań (27/105) dotyczyła różnych typów testów specjalnie zaprojektowanych w celu pominięcia/dostosowania ekstrakcji/oczyszczania RNA. Dwadzieścia cztery ze 105 badań dotyczyło różnych typów testów działających w jednej temperaturze (testy izotermiczne), a nie cyklicznie w różnych temperaturach. Dwadzieścia cztery ze 105 badań dotyczyło różnych typów testów, które łączyły te dwa alternatywne podejścia.

Najważniejsze wnioski

Jedynie testy specjalnie zaprojektowane w celu pominięcia/dostosowania ekstrakcji/oczyszczania RNA oraz testy TMA z ekstrakcją RNA (rodzaj testu izotermicznego) spełniały akceptowalne przez WHO standardy potwierdzania i wykluczania SARS-CoV-2. Dla przykładu, wyniki tych badań wskazują, że w grupie 1000 osób, 50 z nich (5%) faktycznie ma SARS-CoV-2:

* W przypadku testów specjalnie zaprojektowanych w celu pominięcia/dostosowania ekstrakcji/oczyszczania RNA:

- 51 osób uzyskałoby pozytywny wynik testu na obecność wirusa SARS-CoV-2. Spośród nich trzy osoby (6%) nie miałyby SARS-CoV-2 (wynik fałszywie dodatni).

- 949 osób uzyskałoby negatywny wynik testu na obecność wirusa SARS-CoV-2. Spośród nich 0,2 osoby (2%) w rzeczywistości chorowałyby na COVID-19 (wynik fałszywie ujemny).

* Dla testów TMA z ekstrakcją RNA:

- 55 osób uzyskałoby pozytywny wynik testu na obecność wirusa SARS-CoV-2. Spośród nich trzy osoby (10%) nie miałyby SARS-CoV-2 (wynik fałszywie dodatni).

- 945 osób uzyskałoby negatywny wynik testu na obecność wirusa SARS-CoV-2. Spośród nich jedna osoba (0,1%) faktycznie miałaby SARS-CoV-2 (wynik fałszywie ujemny).

Jakie są ograniczenia prezentowanych danych naukowych?

Większość uwzględnionych badań nie zawierała informacji na temat uczestników, którzy zostali poddani testom, takich obecność objawów lub czy pochodzili z bliskiego kontaktu z osobą zakażoną SARS-CoV-2. Mieliśmy również obawy co do metody rekrutacji uczestników w przypadku większości włączonych badań, co mogło skutkować przeszacowaniem dokładności tych metod. Ponadto metoda zastosowana do ustalenia, czy osoby nie były zakażone SARS-CoV-2, nie została uznana za wiarygodną w większości badań, co mogło skutkować niedoszacowaniem dokładności tych metod. W niektórych badaniach nie przestrzegano instrukcji producenta dotyczących stosowania testu. Wyniki odnoszące się do testów różnych producentów wykorzystujących tę samą technikę były różne.

Co to oznacza?

Badania zawarte w tym przeglądzie sugerują, że dwa laboratoryjne testy molekularne mogą być wystarczająco dokładne, aby zastąpić lub uzupełnić testy RT-PCR z wcześniejszą ekstrakcją/oczyszczaniem RNA w diagnostyce zakażenia SARS-CoV-2: Testy RT-PCR opracowane w celu pominięcia lub dostosowania ekstrakcji lub oczyszczania RNA oraz testy izotermiczne TMA (z zachowaniem etapu ekstrakcji RNA). Inne testy alternatywne do RT-PCR zostały ocenione tylko w kilku badaniach o ograniczonej jakości metodologicznej, a ich skuteczność powinna zostać zbadana w dodatkowych badaniach. Ponadto dane w tych badaniach opierały się głównie na próbkach pozyskanych w przeszłości (w porównaniu z próbkami obecnymi lub przyszłymi), dlatego wymagana jest dalsza ocena tych testów w rzeczywistych warunkach praktyki klinicznej. Ponadto decyzje dotyczące optymalnego testu dla określonego środowiska będą podejmowane nie tylko na podstawie dokładności diagnostycznej, ale także innych czynników, takich jak złożoność testu, czas uzyskania wyniku, akceptowalność dla osób badanych oraz środowisko, w którym testy mają być używane.

Jak aktualny jest ten przegląd?

Niniejszy przegląd obejmuje dane naukowe opublikowane do 31 października 2022 r.