¿Por qué es importante mejorar la detección de la codeleción 1p/19q en el glioma?
Los gliomas son un tipo de tumor (cáncer) cerebral. Hay diferentes tipos de glioma, con diferentes alteraciones en su material genético. Una de las posibles alteraciones genéticas es la pérdida de partes de dos de los 23 cromosomas. Cuando falta tanto una parte específica del cromosoma 1 como una parte específica del cromosoma 19, se conoce como "codeleción 1p/19q". La codeleción 1p/19q se utiliza para diagnosticar un glioma conocido como oligodendroglioma. La presencia de la codeleción 1p/19q también puede indicar cuánto tiempo puede sobrevivir un paciente con un glioma y cuál es el mejor medicamento para tratarlo.
¿Cuál es el objetivo de esta revisión?
Se quería averiguar cuál es la forma más precisa y coste-efectiva de identificar la codeleción 1p/19q en los gliomas.
¿Qué se estudia en la revisión?
La revisión examinó y comparó todos los métodos para detectar la codeleción 1p/19q que se basan en el ácido desoxirribonucleico (ADN, que contiene la información para que un organismo se desarrolle, sobreviva y se reproduzca) del tumor. Entre ellas se encuentran las pruebas conocidas como FISH y CISH, que se realizan directamente en el tejido tumoral, y una otra serie de pruebas que se basan en el ADN extraído del tejido tumoral, entre ellas: LOH basada en la PCR, PCR en tiempo real, MLPA, matriz de SNP, aCGH y NGS. Ninguna de estas pruebas es perfecta, por lo que no existe una "prueba de referencia" con la que compararlas. Las dos pruebas más utilizadas (FISH y LOH basada en la PCR) se utilizaron como las mejores pruebas de referencia disponibles con las que examinar las demás.
¿Cuáles son los resultados principales de la revisión?
Se encontraron 53 estudios. La mayoría de las pruebas eran buenas para identificar casos de codeleción 1p/19q (lo que significa que eran pruebas con buena "sensibilidad") que habían sido identificados por cualquiera de las dos pruebas habituales. Sin embargo, hubo algunas diferencias en cuanto a la capacidad de las pruebas para descartar la codeleción 1p/19q cuando no parecía estar presente (la "especificidad" de la prueba). La NGS y las matrices de SNP fueron mejores en este aspecto (es decir, tuvieron menos resultados "falsos positivos") cuando se compararon con la FISH como prueba de referencia. El coste por diagnóstico correcto fue más bajo en el caso de la MLPA, aunque no se trata de una conclusión firme porque la cantidad de evidencia es reducida.
¿En qué medida son fiables los resultados de los estudios de esta revisión?
La certeza en la evidencia fue baja o muy baja, porque hubo pocos estudios para la mayoría de las pruebas y hubo limitaciones en casi todos los estudios. Del mismo modo, el análisis económico se debe interpretar con precaución debido al número relativamente reducido de estudios.
¿Para quiénes son relevantes los resultados de esta revisión?
Se pensó que las formas de realizar las pruebas eran representativas de cómo se harían en la práctica. Sin embargo, muchos de los estudios incluyeron a personas con tipos específicos de gliomas, por lo que los resultados podrían no ser representativos de todas las personas con gliomas.
¿Cuáles son las implicaciones de esta revisión?
La limitada evidencia indica que las técnicas utilizadas actualmente muestran una buena sensibilidad para la detección de la codeleción 1p/19q. La NGS y las matrices de SNP podrían tener una mayor especificidad cuando la FISH es la prueba de referencia, pero esto conlleva un mayor coste por prueba.
¿Cuál es el grado de actualización de esta revisión?
La última búsqueda de estudios se realizó en agosto de 2019.
En esta revisión, la mayoría de las técnicas (excepto las bandas G) parecían tener una buena sensibilidad (pocos falsos negativos) para la detección de codeleciones 1p/19q en el glioma frente a la FISH y la LOH basada en la PCR como pruebas de referencia. Sin embargo, la certeza de la evidencia se consideró baja o muy baja para todas las pruebas. Existen posibles diferencias en cuanto a la especificidad, ya que tanto la NGS como la matriz de SNP tienen una alta especificidad (menos falsos positivos) para la codeleción 1p/19q cuando se comparan con la FISH como prueba de referencia. El análisis económico se debe interpretar con precaución debido al reducido número de estudios.
La deleción completa del brazo corto del cromosoma 1 (1p) y del brazo largo del cromosoma 19 (19q), conocida como codeleción 1p/19q, es una mutación que puede aparecer en los gliomas. Se produce en un tipo de glioma conocido como oligodendroglioma y en su homólogo de mayor grado conocido como oligodendroglioma anaplásico. La detección de la codeleción 1p/19q en los gliomas es importante porque, junto con otra mutación en una enzima conocida como isocitrato deshidrogenasa, es necesaria para hacer el diagnóstico de un oligodendroglioma. La presencia de la codeleción 1p/19q también orienta sobre el pronóstico del paciente y la predicción del mejor tratamiento farmacológico. Las dos principales pruebas que se utilizan son la hibridación fluorescente in situ (FISH por sus siglas en inglés) y los ensayos de pérdida de heterocigosidad (LOH por sus siglas en inglés) basada en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) (también conocidos como análisis de repeticiones cortas en tándem o microsatélites basados en la PCR). Hay muchas otras pruebas disponibles. Ninguna de las pruebas es perfecta, aunque se espera que la LOH basada en la PCR tenga una sensibilidad muy alta.
Determinar la sensibilidad y la especificidad, así como la coste-efectividad, de diferentes técnicas basadas en el ácido desoxirribonucleico (ADN) para determinar el estado de codeleción 1p/19q en el glioma.
Se hicieron búsquedas en MEDLINE, EMBASE y CENTRAL hasta julio de 2019. No hubo restricciones con respecto al idioma ni la fecha de publicación. Se buscaron estudios de evaluación económica a partir de los resultados de esta búsqueda y utilizando la National Health Service Economic Evaluation Database.
Se incluyeron estudios transversales en adultos con glioma o cualquier subtipo de glioma, que presentaran datos brutos o tabulaciones cruzadas de dos o más pruebas basadas en el ADN para la codeleción 1p/19q. También se buscaron evaluaciones económicas de estas pruebas.
Se siguieron los procedimientos descritos en el Manual Cochrane para Revisiones de Exactitud de Pruebas Diagnósticas (Cochrane Handbook for Diagnostic Test Accuracy Reviews). Dos autores de la revisión revisaron de forma independiente los títulos/resúmenes/textos completos, realizaron la extracción de los datos y evaluaron la aplicabilidad y el riesgo de sesgo mediante QUADAS-2. Los metanálisis utilizaron el modelo jerárquico de la ROC de resumen para determinar y comparar la exactitud de las pruebas. Se utilizaron FISH y LOH basada en la PCR como las pruebas de referencia alternativas para examinar cómo se comparan las pruebas con las de uso común, y se realizó un análisis de clase latente comparando FISH y LOH basada en la PCR. Se construyó un modelo económico para evaluar la coste-efectividad.
Se incluyeron 53 estudios que examinaron: LOH basada en la PCR, FISH, matriz de polimorfismo de nucleótido único (SNP), secuenciación de próxima generación (NGS), hibridación genómica comparativa (CGH), hibridación genómica comparativa de matrices (aCGH), amplificación de sonda dependiente de ligación múltiple (MLPA), PCR en tiempo real, hibridación cromogénica in situ (CISH), espectrometría de masas (MS), análisis de polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP), bandas G, matriz de metilación y NanoString. El riesgo de sesgo fue bajo sólo en un estudio; la mayoría suscitó dudas sobre cómo se seleccionaron los pacientes o sobre los datos faltantes. Muchos de los estudios tenían problemas de aplicabilidad porque sólo se incluyeron pacientes con subtipos específicos de glioma. A los análisis que utilizaron la FISH como referencia contribuyeron 1520 participantes, a los análisis que incluyeron la LOH basada en la PCR como referencia, 1304 participantes y a los análisis de comparaciones entre métodos de estudios que no incluyeron la FISH ni la LOH basada en la PCR contribuyeron 262 participantes.
La mayoría de la evidencia disponible estaba relacionada con la comparación de FISH con LOH basada en la PCR (15 estudios, 915 participantes): La LOH basada en la PCR detectó el 94% de las codeleciones determinadas por la FISH (intervalo de credibilidad [ICr] del 95%: 83% a 98%) y la FISH detectó el 91% de las codeleciones determinadas por la LOH basada en la PCR (ICr: 78% a 97%). De los tumores de los que se determinó que no tenían una deleción por la FISH, el 94% (ICr: 87% a 98%) tenían una deleción detectada por la LOH basada en la PCR, y de los que se determinó que no tenían una deleción por la LOH basada en la PCR, el 96% (ICr: 90% a 99%) tenían una deleción detectada por la FISH. El análisis de clase latente indicó que la LOH basada en la PCR podría ser ligeramente más precisa que la FISH. La mayoría de las otras técnicas parecieron tener una sensibilidad alta (es decir, producían pocos resultados falsos negativos) para la detección de la codeleción 1p/19q cuando se consideró la FISH o la LOH basada en la PCR como la prueba de referencia, aunque la evidencia fue limitada. Hubo alguna evidencia de diferencias en la especificidad (tasa de falsos positivos) con algunas técnicas. La NGS y la matriz de SNP tuvieron una alta especificidad cuando se compararon con la FISH como prueba de referencia (NGS: seis estudios, 243 participantes; SNP: seis estudios, 111 participantes), aunque la certeza de la evidencia se consideró baja o muy baja. La NGS y la matriz de SNP también tuvieron una alta especificidad cuando la LOH basada en la PCR se consideró la prueba de referencia, aunque con mucha más incertidumbre ya que estos resultados se basaron en menos estudios (sólo un estudio con 49 participantes para la NGS y dos estudios con 33 participantes para la matriz de SNP).
Las bandas G tuvieron una baja sensibilidad y especificidad cuando la LOH basada en la PCR fue la prueba de referencia. Aunque la MS tuvo una sensibilidad y especificidad muy altas cuando la FISH y la LOH basada en la PCR se consideraron la prueba de referencia, estos resultados se basaron en un solo estudio con un bajo número de participantes. La PCR en tiempo real también mostró una alta especificidad con la FISH como prueba de referencia, aunque sólo hubo dos estudios que incluyeron 40 participantes.
No se encontraron evaluaciones económicas relevantes. El modelo económico de esta revisión utilizando la FISH como prueba de referencia indicó que la prueba de optimización de los recursos depende de qué medida de exactitud diagnóstica es más importante. Con la FISH como prueba de referencia, es probable que la MLPA sea coste-efectiva si la sociedad estuviera dispuesta a pagar 1000 libras esterlinas o menos por un verdadero positivo detectado. Sin embargo, a medida que aumentaba el valor de un verdadero positivo, la CISH fue más coste-efectiva. Los hallazgos difieren cuando la medida de desenlace cambia a verdadero negativo detectado o a un diagnóstico correcto. Cuando se utilizó la LOH basada en la PCR como prueba de referencia, fue probable que la MLPA fuera coste-efectiva para todas las medidas de exactitud diagnóstica en los valores umbrales más bajos de la disposición a pagar. Sin embargo, a medida que aumentaban los valores de los umbrales, ninguna de las pruebas era claramente más susceptible de ser considerada coste-efectiva.
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